O custo inicial é mais elevado do que em outros sistemas, e o empresário/construtor terá que dispor de uma capital inicial, fazendo jus à fabricação da estrutura. É diferente de uma estrutura de concreto, que é construída ao longo do tempo sem a necessidade de um desembolso logo no começo. No caso das estruturas metálicas, o empresário/construtor tem que abrir mão disso para que a fábrica comece a produzir a estrutura. Dependendo de quem você vai comprar, de quem é a estrutura, é um valor que chega a uma ordem de 15% do total. Uma desvantagem que pode ser facilmente resolvida é o da corrosão. Sempre se discute muito esse problema, mas desde que se especifique adequadamente os materiais e que os projetos sigam recomendações em norma, com atenção principalmente na questão do detalhamento, o problema da corrosão deixa de existir a princípio. Outra desvantagem é o problema do incêndio. Dependendo do tempo que a estrutura terá que resistir à ação de temperatura elevada, há necessidade de proteção por meio de revestimento e pinturas, o que acaba encarecendo bastante a estrutura metálica. O aço é um condutor de carbono, e quando se aquece a superfície de um elemento de aço, rapidamente essa temperatura generaliza em todo o elemento. Essa elevação causa perda de resistência, o que torna necessária uma proteção passiva, que pode ser uma pintura do tipo intumescente, um revestimento dos elementos de aço com placa de gesso, argamassa cimentícia. Existem diversas possibilidades em relação à proteção, e isso acarreta elevação dos custos.
